Las siete facultades de la UPEI (artes, negocios, educación, enfermería, ciencias, ingeniería de diseño sostenible y medicina veterinaria) y una escuela (ciencias matemáticas y computacionales) ofrecen una amplia gama de programas y títulos para estudiantes de pregrado, posgrado y doctorado. Se han establecido programas cooperativos en administración de empresas, informática, física y dietética.

Los programas de maestría y doctorado se introdujeron por primera vez a través del Atlantic Veterinary College y, a partir de 1999, se ofreció una maestría en ciencias a través de la Facultad de Ciencias. En ese mismo año, los primeros estudiantes fueron admitidos en el nuevo programa de Maestría en Educación de la universidad. A partir de 2010, además del programa de posgrado MEd, la Facultad de Educación ofreció un Doctorado en Estudios Educativos. La universidad también ofrece ahora una Maestría en Artes en Estudios Insulares. Recientemente, la Facultad de Administración de Empresas comenzó a ofrecer una Maestría Ejecutiva en Administración de Empresas. El programa Master of Applied Health Services Research (MAHSR) está coordinado por el Atlantic Research Training Center (ARTC).

La Facultad de Educación ofrece títulos de posgrado de un año con especializaciones en educación internacional, de adultos e indígena, inmersión en francés y desarrollo de recursos humanos, una maestría en educación (MEd) en liderazgo en el aprendizaje y un doctorado en estudios educativos.

El Departamento de Ciencias Humanas Aplicadas tiene un programa de dietista acreditado. La universidad está acreditada por una organización profesional como los dietistas de Canadá y los graduados de la universidad pueden convertirse posteriormente en dietistas registrados.

La Oficina de Desarrollo Docente ofrece cursos de desarrollo profesional aplicables a muchos sectores e industrias, incluidos programas de desarrollo para asistentes administrativos y nuevos gerentes; capacitación en colaboración, conflictos y comunicación; y cursos de gestión financiera.